Ръкописът е прибран за повече от 16 години в един сейф на Сити банк в Лонг Айлънд, близо до Ню Йорк, вследствие на което почти напълно се разпада. През 2001 г. Марио Роберти, директор на швейцарската фондация за древно изкуство Месенас, успява да го купи. Ръкописът е предаден на изследователски екип под ръководството на проф. Родолф Касер, коптолог в Женевския универсисет, който успява да го реставрира частично, превежда го и го подлага на различни тестове за автентичност, между които датировка с въглерод 14 и анализ на мастилото. Текстът на евангелието представя необичайна интерпретация на предателството на Исус, извършено от Юда. Издавайки Исус, Юда се оказва единственият сред учениците му, разбрал неговото послание. Любимецът на Исус трябвало да изпълни най-трудната мисия: да го предаде на римляните. Постъпвайки така, той се подчинил на молбата на Спасителя, като му позволил да извърши върховното жертвоприношение за изкупление на човечеството. Първия в историята икуменичен (обединителен) събор, който, както се предполага, макар че няма писмени свидетелства за това, ограничава до четири евангелията; предаващи учението на Христос: тези на Матей, Марко, Лука и Йоан. Това вече се забелязва в края на II век във фрагмента от Муратори. Въпреки това до нас достигат и други евангелия, непризнати от никоя християнска църква: тези на Филип, Петър, Тома, Вартоломей и Мария Магдалина. Апокрифните евангелия са общо четиринайсет. Епифон Саломийски в своя Панарион (1.31) твърди, че това евангелие е дело на гностичната секта на Каините. Топ се опира на текста на каноничните евангелия, които от своя страна се основават на един пророчески прочит на Стария завет. Някои гностици пък са имали като свое херменевтично правило да откъснат Новия завет от неговите еврейски корени. Вероятно такъв е и случаят с евангелието на Юда: оправдавайки Юда, те поставят под съмнение всичко, което християните са разбрали от драмата на апостола, четейки пророческите книги и псалмите.